El govern i l´administració de l´Entitat Metropolitana del Transport correspon al Consell Metropolità i a la Junta de Govern. 

El Ple del Consell Metropolità es compon de 34 representants escollits pels municipis integrats a l'EMT d´entre els seus regidors, proporcionalment al nombre de regidors obtinguts per cada llista en les eleccions municipals. Corresponen al municipi de Barcelona 11 representants, als municipis de més de cent mil habitants (Badalona, L´Hospitalet i Santa Coloma de Gramenet) tres representants a cada un, i a la resta de municipis un representant cada un. Actualment, els 34 consellers que integren el Consell Metropolità ho són en representació dels següents partits polítics:

PSC 
22 consellers 
CIU 
5   consellers 
IC-EUiA
2  consellers 
PP 
4  consellers 
ERC 
1  conseller 
La Junta de Govern es compon de 6 membres de ple dret:
3 en representació del PSC
1 en representació de IC- EUiA
1 en representació de ERC
1 en representació de CIU
Els òrgans unipersonals i càrrecs directius són: 
President Antoni POVEDA i ZAPATA
Vicepresidenta primera Assumpta ESCARP i GIBER
Vicepresident Jordi PORTABELLA i CALVETE
Vicepresident Antoni RODÉS i INÉS
Vicepresident César ARRIZABALAGA i ZABALA
Gerent Pelayo MARTINEZ i BAULUZ
Director de Serveis Generals Antoni NOVEL i CABRÉ
Directora de Serveis de Transports Ma.Teresa CARRILLO i PALACÍN
Director de Serveis de Gestió, Organització i Planificació Josep Solé Tarragó
Secretari General Accidental Sebastià GRAU i ÀVILA
Interventor Accidental Francesc Artal i Vidal
Tresorer Lluís Malavia Muñoz